دخل المرسوم رقم 2.25.541، القاضي بإعادة تنظيم المندوبية الوزارية المكلفة بحقوق الإنسان وتحديد اختصاصاتها، حيز التنفيذ بعد  نشره في العدد الأخير من الجريدة الرسمية.

ونص المرسوم على أن تلحق المندوبية الوزارية المكلفة بحقوق الإنسان، برئيس الحكومة، بعدما كانت تحت وصاية وزير العدل.

ووفق المرسوم الجديد، فإن مهمة المندوبية الوزارية المكلفة بحقوق الإنسان تتمثل في "إعداد السياسة الحكومية في هذا المجال وتتبع تنفيذها، بتنسيق مع القطاعات الوزارية والهيئات المعنية. كما أوكل إليها إعداد التقارير وتتبع إعمال الالتزامات الدولية ذات الصلة، إلى جانب الإسهام في تعزيز المكتسبات الوطنية".

ونص المرسوم على أن تتولى المندوبية الوزارية، مع مراعاة الاختصاصات المسندة إلى القطاعات الوزارية والهيئات المعنية بموجب النصوص التشريعية والتنظيمية الجاري بها العمل، السهر على إعداد الاستراتيجيات والخطط والبرامج الوطنية في مجال حقوق الإنسان وتتبع تنفيذها.

كما تضطلع المندوبية بالتنسيق مع القطاعات الوزارية والهيئات المعنية بإدماج بعد حقوق الإنسان في السياسات العمومية والخطط والبرامج القطاعية، في إطار تتبع التزامات المغرب على المستوى الدولي، كما يعهد إلى إليها أيضا إعداد التقارير الوطنية بشأن التزامات المغرب الدولية في مجال حقوق الإنسان وتقديمها ومناقشتها والتفاعل بشأنها مع الهيئات الدولية المعنية، وتعزيز الانخراط في المبادرات والقضايا الدولية المرتبطة بهذا المجال.

كما تساهم المندوبية، بحسب نص المرسوم، في تعزيز المشاركة الوطنية في الهيئات والمحافل الدولية، والإسهام في دراسة مقتضيات الاتفاقيات الدولية التي تعتزم المملكة الانخراط فيها أو المصادقة عليها، فضلا عن اقتراح التدابير الكفيلة بضمان دخول الاتفاقيات الدولية لحقوق الإنسان، التي صادقت عليها المملكة أو انضمت إليها، حيز التنفيذ.

كما تتولى القيام بكل عمل واتخاذ كل مبادرة من شأنهما النهوض بحقوق الإنسان في إطار تنفيذ السياسات العمومية وترصيد المكتسبات الوطنية، إضافة إلى تعزيز التعاون في هذا المجال مع جمعيات المجتمع المدني والمنظمات غير الحكومية والهيئات الوطنية المعنية.

وبخصوص هيكلة المندوبية الوزارية، نص المرسوم أنه بالإضافة إلى ديوان المندوب الوزاري، تتكون من إدارة مركزية تضم كتابة عامة، ومديرية التخطيط والعلاقات مع المجتمع المدني، ومديرية التقارير الوطنية والتتبع، ومديرية الدراسات والرصد والتعاون الدولي والإقليمي، ومديرية الموارد البشرية والمالية والشؤون العامة.

كما أن الكاتب العام للمندوبية الوزارية يمارس الاختصاصات المنوطة بالكتاب العامين للقطاعات الوزارية بموجب النصوص الجاري بها العمل، ولا سيما المرسوم رقم 2.93.44 الصادر في 7 ذي القعدة 1413 (29 أبريل 1993)، وفق نص المرسوم  الذي نصت مواده على تحديد اختصاصات باقي المديريات التابعة للمندوبية الوزارية، فضلا عن إحداث الأقسام والمصالح التابعة للإدارة المركزية، مع تحديد تنظيمها واختصاصاتها بموجب قرار للسلطة الحكومية المكلفة بحقوق الإنسان، يؤشر عليه من قبل السلطة الحكومية المكلفة بالاقتصاد والمالية، والسلطة الحكومية المكلفة بإصلاح الإدارة.